Dwikora merupakan singkatan dari Dwi Komando Rakyat. Secara umum, dwikora merupakan salah satu bentuk komando yang diperintahkan oleh Ir. Soekarno guna mengatasi permasalahan yang berhubungan dengan konfrontasi Indonesia dengan Malaysia. Operasi dwikora ini semata mata dilakukan dengan tujuan satu, yakni mempertahankan kedaulatan serta kestabilan dari negara Indonesia.
Awal terbentuknya operasi dwikora ini merupakan murni seruan atau perintah dari Ir. Soekarno. Operasi tersebut dibentuk sebagai bentuk kekhawatiran Ir. Soekarno pada pembentukan negara federasi Malaysia yang gadang gadang merupakan salah satu bentuk imperialisme dan penjajahan neokolonialisme.
Adapun dua latar belakang utama yang memicu Presiden Ir. Soekarno untuk membentuk operasi dwikora ini.
1. Pembentukan Federasi Malaysia
Seperti yang kita tahu bahwa terbentuknya operasi dwikora ini semata mata bentuk kekhawatiran Presiden Soekarno terhadap pembentukan Federasi Malaysia. Pembentukan dari Federasi Malaysia ini menggabungkan beberapa wilayah besar yang ada di sekitar negara Malaysia. Wilayah wilayah tersebut mencakup Brunei darussalam, Malaysia, Singapura, Serawak, dan juga wilayah Sabah yang berada di Kalimantan Utara.
Rencana dari pembentukan Federasi Malaysia ini nyatanya juga mendapat dukungan dari Inggris. Pada saat itu yang menjadi pertimbangan Inggris untuk mendukung secara penuh pembentukan Federasi Malaysia ini adalah agar Inggris dapat mempertahankan kepentingan militernya di Singapura.
Karena pada dasarnya Inggris memiliki pangkalan militer yang bertempat di Singapura. Dengan adanya persetujuan dan dukungan penuh dari Inggris ini sekaligus menambah besarnya peluang untuk mempertahankan modal yang telah dimiliki Kalimantan Utara dalam pembentukan federasi ini.
2. Adanya Pelanggaran atas Persetujuan Manila
Selanjutnya yang juga menjadi faktor utama yang mempengaruhi terbentuknya dwikora ini adalah adanya pelanggaran yang dilakukan atas perjanjian Manila yang telah disepakati. Persetujuaan Manila tersebut melibatkan peranan dari tiga negara yaitu Malaysia, Indonesia dan Filipina. Dengan adanya indikasi pelanggaran ini nyatanya semakin memperparah hubungan Indonesia dengan Malaysia yang nyatanya sedang berkonflik.
Dalam persetujuan Manila itu disepakati beberapa poin penting yang berhubungan dengan kerja sama antar negara. salah satu poin yang paling jelas adalah dimana dinyatakan bahwa Indonesia dan Filipina akan menyambut dengan baik terbentuknya sebuah federasi. Asalkan pembentukan federasi tersebut mendapat persetujuan dan dukungan penuh dari rakyat Kalimantan Utara.
Tidak hanya itu, dukungan tersebut juga harus diimbangi dengan hasil penyelidikan yang telah dilakukan oleh pihak pihak yang sifatnya netral. Pihak yang dimaksudkan dalam hal ini adalah Sekjen dari PBB. Namun, nyatanya perjanjian tersebut dilanggar dengan adanya pengumuman proklamasi yang berasal dari Kuala Lumpur dan London atas negara Malaysia.
Kedua pihak yang terkait itu tetap bertekad membentuk federasi Malaysia apapun hasil penyelidikannya. tentunya hal tersebut sangat ditentang keras oleh Filipina dan Indonesia. Bentuk pertentangan tersebut pun diwujudkan dengan adanya tekat Presiden Soekarno untuk menggagalkan rencana pembentukan Federasi Malaysia ini.