Berdasarkan Undang-Undang no.6 tahun 1996 tentang perairan Indonesia, negara Indonesia merupakan negara kepulauan. Dalam negara kepulauan diterima asas bahwa segala perairan di sekitar. Di antara, dan yang menghubungkan pulau-pulau atau bagian pulau-pulau yang termasuk daratan Negara Republik Indonesia.
Dengan tidak memperhitungkan luas atau lebarnya merupakan bagian integral dan wilayah daratan negara Republik Indonesia yang berada di bawah kedaulatan pada fakta sejarah dan cara pandang bangsa Indonesia bahwa negara Republik Indonesia yang diproklamasikan pada tanggal 17 Agustus 1945, secara geografis adalah negara kepulauan.
Kedaulatan Negara Republik Indonesia di perairan Indonesia meliputi laut teritorial, perairan kepulauan, dan perairan pedalaman serta ruang udara diatas laut teritorial, perairan kepulauan, dan perairan pedalaman serta dasar laut dan tanah dibawahnya termasuk sumber kekayaan alam yang terkandung di dalamnya.
Berdasarkan hak ini maka wilayah negara Kesatuan Republik Indonesia meliputi tanah (daratan) dan air (lautan), dan udara diatasnya.
1.Wilayah daratan
Wilayah daratan adalah daerah di permukaan bumi dalam batas-batas tertentu dan di dalam tanah permukaan bumi. Untuk menentukan batas wilayah daratan biasanya dilakukan dengan negara-negara yang berbatasan darat.
Batas-batas dapat dibuat dengan sengaja atau dapat pula ditandai dengan benda-benda alam, seperti gunung, hutan dan sungai. Indonesia memiliki wilayah daratan yang berbatasan dengan Malaysia (Serawak dan Sabah), Papua Nugini, dan Timor Leste.
2. Wilayah perairan
Wilayah perairan Indonesia meliputi laut teritorial Indonesia. Perairan kepulauan, dan perairan pedalaman. Laut Teritorial Indonesia adalah jalur laut selebar 12 mil laut yang diukur dari garis pangkal kepulauan Indonesia.
Perairan kepulauan Indonesia adalah semua perairan yang terletak pada sisi dalam garis pangkal lurus kepulauan tanpa memperhatikan kedalam atau jaraknya dan pantai. Perairan pedalaman Indonesia adalah semua perairan yang terletak pada sisi darat dari garis air rendah dari pantai-pantai Indonesia, termasuk ke dalamnya semua bagian dari perairan khususnya yang berbatasan dengan negara tetangga dilakukan dengan perjanjian bilateral. Contohnya Indonesia dengan Malaysia, Indonesia dengan Filipina.
3. Wilayah udara
Wilayah udara adalah wilayah yang berada diatas wilayah daratan dan lautan (perairan) negara itu. Seberapa jauh kedaulatan negara terhadap wilayah udara di atasnya, terdapat beberapa perairan, yaitu :
- Teori udara bebas
- Kebebasan ruang tanpa batas, ruang udara dapat dipergunakan oleh siapapun. Negara tidak berhak dan berdaulat di ruang udara.
- Kebebasan ruang terbatas, terbagi menjadi dua yaitu (1) negara berhak mengambil tindakan tertentu untuk memelihara keamanan dan keselamatan (2) Negara kolong hanya berhak terhadap suatu wilayah tertentu. Teori yang menyatakan adanya kebebasan ruang terbatas adalah :
- Teori keamanan. Negara mempunyai kedaulatan di udara dibatasi untuk menjaga keamanan. Pada tahun 1901 ditentukan dengan batas ketinggain 1500 m dan pada tahun 1910 diubah menjadi 500 m.
- Teori penguasaan cooper. Pada tahun 1950, Cooper menyatakan kedaulatan udara ditentukan oleh kemampuan negara yang bersangkutan menguasai ruang udara secara fisik dan ilmiah. Misalnya dengan kemampuan teknologi pesawat.
- Teori udara Schacter. Schacter menyatakan wialyah udara hendaknya sampai pada ketinggian dimana udara masih cukup mampu mengangkat pesawat. Ketinggian tersebut lebih kurang 30 mil dari muka bumi.
- Teori negara berdaulat di udara.
Mengenai teori ini belum ada kesepakatan di forum internasional. Mengenai ruang angkasa masih timbul salah pengertian tentang batas jarak ketinggian yaitu dari mana mengukurnya. Apakah diukur dari permukaan laut ataukah dari titik tertinggi dari negara tersebut misalnya dari puncak gunung.