Dalam sistem pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia terdapat pembagian kekuasaan antara pemerintah pusat dengan daerah. Hal ini sebagaimana telah diatur dalam UUD NKRI 1945 pasal 18 ayat (1) sampai (6), pasal 18 A ayat (1) dan (2), serta Pasal 18 B ayat (1) dan (2).
Ada tiga faktor yang menjadi dasar hubungan antara pemerintah pusat dan daerah, yaitu:
Hubungan pemerintah pusat dan daerah secara struktural diatur dalam PP No. 84 tahun 2000. Dalam Peraturan Pemerintah terdapat ketentuan bahwa daerah harus diberi kesempatan untuk membentuk lembaga-lembaga tertentu yang sesuai dengan kebutuhan masing-masing daerah.
Secara struktural ada 4 jenis hubungan antara pemerintah pusat dengan pemerintah daerah, yaitu:
Sentralisasi adalah hubungan pemerintah pusat dengan daerah dimana segala urusan, fungsi, tugas, dan wewenang penyelenggaraan pemerintahan terletak pada pemerintah pusat.
Desentralisasi adalah pelimpahan urusan, fungsi, tugas, dan wewenang penyelenggaraan pemerintahan kepada pemerintah daerah sehingga daerah bisa mengatur urusan rumah tangganya sendiri.
Dekonsentrasi adalah pendelegasian wewenang administratif dari pemerintah pusat kepada pemerintah daerah. Hubungan struktural dekonsentrasi dimaksudkan hanya untuk menjalankan keputusan-keputusan pemerintah pusat di daerah. Dengan kata lain, daerah tidak mengambil atau membuat keputusannya sendiri.
Menurut UU No.32 tahun 2004 pada Pasal (1) angka 9 disebutkan bahwa tugas perbantuan atau medebewind adalah penugasan pemerintah pusat kepada pemerintah daerah dengan disertai pembiayaan dan sarana prasarana, serta sumber saya manusia yang diperlukan dan diwajibkan untuk melaporkan pelaksanaannya kepada pemerintah pusat.
Hubungan fungsional antara pemerintah pusat dan pemerintah daerah adalah hubungan yang didasarkan pada fungsi masing-masing dimana keduanya memiliki hubungan yang saling mempengaruhi dan melengkapi satu sama lain.
Secara fungsional, baik pemerintah pusat maupun daerah memiliki kesamaan dalam hal visi, misi, tujuan, dan juga fungsinya sebagai sebuah organisasi suprastruktur politik.
Tujuan dari adanya hubungan fungsional adalah: