Satu pertanyaan yang timbul terhadap lingkup da wewenang pengadilan HAM adalah dimana pengaturan mengenai War Crimes and Aggresion. Secara keseluruhan undang-undang Pengadilan HAM berisikan hukum acara terhadap pelanggaran HAM yang diatur oleh Hukum Acara dari Pengadilan Hak Asasi Manusia dilaksanakan berdasarkan kitab Undang-undang Hukum Acara Pidana.
Penanganan dilakukan oleh jaksa agung yang dilakukan penyidik dengan surat tugas dan surat perintah penangkapan, kecuali apabila tertangkap tangan. Penahanan dilakukan oleh Jaksa Agung sebagai penyidik dan penuntut umum, hakim pengadilan untuk kepentingan pemeriksaan di sidang Pengadilan.
Berdasarkan Undang-Undang No.26 tahu 2000 tentang pengadilan hak asasi manusia, maka yang merupakan lingkup kewenangan pengadilan HAM menurut UU No.2 Thu 2000 adalah, sebagai berikut :
- Pengadilan HAM bertugas dan berwenang memeriksa dan memutus perkara pelanggaran HAM yang berat.
- Pengadilan HAM berwenang juga memeriksa dan memutus perkara pelanggaran HAM yang berat yang dilakukan di luar batas teritorial wilayah Negara Republik Indonesia oleh warga negara Indonesia.
- Pengadilan HAM tidak berwenang memeriksa da memutus perkara pelanggaran hak asasi manusia yang berat yang dilakukan oleh seseorang yang berumur dibawah 18 tahun pada saat kejahatan dilakukan.
- Pelanggaran hak asasi manusia yang berat meliputi :
- Kejahatan genosida, dalam pasal 7 adalah setiap perbuatan yang dilakukan dengan maksud untuk menghancurkan atau memusnahkan seluruh atau sebagian kelpmpok bangsa, ras, kelompok etnik, kelompok agama, degan cara :
- Membunuh anggota kelompok
- Mengakibatkan penderitaan fisik atau mental yang berat terhadap anggota-anggota kelompok
- Menciptakan kondisi kehidupan kelompok yang akan mengakibatkan kemusnahan secara fisik baik seluruh atau sebagiannya
- Memaksakan tindakan-tindakan yang bertujuan mencegah kelahiran di dalam kelompok
- Memindahkan secara paksa anak-anak dari kelompok tertentu kelompok lain
- Kejahatan terhadap kemanusiaan, dalam pasal 7 adalah salah satu perbuatan yang dilkaukan sebagai bagian dri serangan yang meluas atau sistematis yag diketahahuinya bahwa serangan tersebut ditujukan secara langsung terhadap penduduk sipil, yang berupa :
- Pembunuhan
- Pemusnahan
- Perbudakan
- Pengusiran atau pemindahan penduduk secara paksa
- Perampasan kemerdekaan atau perampasan kebebasan fisik lain secara sewenang-wenang yang melanggar (asas-asas) ketentuan pokok hukum internasional.
- Penyiksaan
- Perkosaa, perbudakan seksual, pelacuran secara paksa atau bentuk-bentuk kekerasan seksual lain yang setara.
- Penganiayaan terhadap suatu kelompok tertentu atau perkumpulan yang didasari persamaan paham politik, ras, kebangsaan, etnis, budaya, agama, jenis kelamin atau alasan lain yang telah diakui secara universal sebagai hal yang dilarang menurut hukum internasioal.
- Penghilangan orang secara paksa
- Kejahatan apartheid
- Kejahatan genosida, dalam pasal 7 adalah setiap perbuatan yang dilakukan dengan maksud untuk menghancurkan atau memusnahkan seluruh atau sebagian kelpmpok bangsa, ras, kelompok etnik, kelompok agama, degan cara :
Ketentuan pidana untuk perkasa HAM
Ketentuan pidana untuk perkara HAM yang berat dapat dikelompokkan ke dalam 4 kelompok.
- Genosida, Yaitu perbuata pelanggaran HAM yang berat (pasal 8) dipidana dengan pidana mati atau pidana penjara paling lama 25 tahun dan paling singkat 10 tahun.
- Kejahatan terhadap kemanusiaan (pasal 9), yaitu salah satu perbuatan yang dilakukan sebagai bagian dari serangan yang meluas atau sistemik yang diketahuinya bahwa serangan tersebut ditujukan langsung terhadap penduduk sipil, dipidana dengan pidana mati atau pidana seumur hidup atau pidana penjara paling lama 25 tahun dan paling singkat 10 tahun.
- Pelanggaran HAM yang berat, yaitu perbuatan percobaan, permufakataan jahat, atau pembantuan untuk melakukan pelanggaran HAM yan berat “genosida” atau “kejahatan terhadap kemanusiaan” (pasal 8 atau 9) dipidana sama sebagaimana dimaksud pasal 36, pasal 37, pasal 38, pasal 39, dan pasal 40.
- Komandan militer, dapat dipertanggungjawabkan terhadap pasukan yang berada di bawah komandannya, diancam dengan pidana yang sama sebagaimana dimaksud pasal 36, 37, 38, 39, 40.
Perintah penahanan dilakukan karena dikhawatirkan akan melarikan diri, merusak atau menghilangkan alat bukti atau mengulangi kejahatan HAM berat, dan penahanan dilakukan maksimal 90 hari dan dapat diperpanjang oleh ketua pengadilan selama 60 hari apabila penyidikan belum tuntas.
Penahanan untuk penuntutan maksimal adalah 30 hari dan dapat diperpanjang maksimal 20 hari. Apabila belum selesai maka dapat diperpanjang kembali selama 20 hari oleh ketua pengadilan. Dalam pemeriksaan di pengadilan penahanan maksimal adalah 90 hari dan dapat diperpanjang 30 hari oleh ketua pengadilan HAM.
Untuk pemeriksaan banding 60 hari dan dapat diperpanjang 30 hari. Sedangkan untuk pemeriksaan kasasi penahanan selama 60 hari dan dapat diperpanjang 30 hari.
Dalam hal kasus pelanggaran HAM, penyelidikan dilakukan oleh komnas HAM, dan dapat membentuk Tim Ad Hoc yang mempunyai kewenangan untuk melakukan penyelidikan dan menyerahkan hasil penyelidikan kepada penyidik.
Penyidikan dilakukan oleh Jaksa Agung yang dapat mengangkat Tim Ad Hoc. Dimana penyidikan dilakukan maksimal 90 hari yang dapat ditambah selama 60 hari lagi oleh ketua pengadilan HAM, yang apabila dalam penyidikan tidak diketemukan bukti maka dikeluarkan surat perintah penghentian penyidikan yang dapat dibuka kembali apabila ditemukan bukti atau alasan lain.
Dalam hal penghentian penyidikan tidak dapat diterima oleh korban dan keluarganya maka berhak mengajukan praperadilan kepada ketua pengadilan HAM sesuai dengan daerah hukumnya dan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Penuntuta dilakukan oleh Jaksa Agung, yang dapat mengangkat penuntut ad hoc, dimana penuntutan dilakukan maksimal 70 hari, dan komnas HAM dapat meminta keterangan mengenai perkembangan penyidikan dan penuntutan.
Pemeriksaan si sidang pengadilan dilakukan oleh majelis Hakim yang terdiri atas dua orang hakim Pengadilan HAM dan tiga orang Hakim Ad Hoc dan diketuai oleh Hakim pengadilan yang bersangkutan. Hakim ad hoc diangkat dan diberhentikan Presiden atas asal usul ketua Mahkamah Agung.
Jumlah Hakim ad Hoc sekurang-kurangnya adalah 12 orang yang diangkat untuk selama lima tahun dan dapat diangkat kembali untuk satu masa jabatan. Dalam acara pemeriksaan terdapat proses pemeriksaan dan keputusan oleh Pengadilan HAM dalam waktu maksimal 180 hari terhitung sejak perkara dilimpahkan ke pengadilan HAM.
Dalam hal pemeriksaan banding, maka perkara tersebut diperiksa dan diputus dalam waktu paling lama 90 hari terhitung sejak perkara dilimpahkan ke Pengadilan Tinggi. Dalam hal perkara dimohonkan kasasi, maka untuk diperiksa dan diputus maksimal 90 hari. Dalam proses pemeriksaan pada tingkat banding dan kasasi, maka komposisi hakim sama yang terdiri atas lima orang hakim dan tiga ad hoc.
Dalam Undang-undang Pengadilan HAM ini, perlindungan terhadap korban dan saksi juga mendapat perhatian yaitu korban dan saksi berhak atas perlindungan fisik dan mental dari ancaman, gangguan, teror da kekerasan.
Dan perlindungan tersebut wajib dilakukan oleh aparat penegak hukum dan aparat keamanan secara cumaa-cuma. Sebagai konsekuensi dari adanya pelanggaran HAM maka para korban dan ahli warisnya dapat memperoleh kompensasi, restitusi dan rehabilitasi yang akan dimuat dalam amar putusan hakim dan mengenai kompensasi, restitusi dan rehabilitasi akan diatur dengan menggunakan Peraturan Pemerintah.
Ketentuan pidana yang dijatuhkan terhadap pelanggaran HAM meliputi genosida dan kejahatan kemanusiaan adalah pidana mati, pidana seumur hidup, dan penjara antara 10 sampai 25 tahun. Dalam hal pelanggaran HAM yang terjadi sebelum Undang – Undang Pengadilan HAM ini ada maka akan ditangani oleh Pengadilan Ad Hoc dengan keputusan Presiden atau atas usul Dewan Perwakilan Rakyat dan berada di lingkungan peradilan umum.
Dalam hal pelanggaran hak asasi manusia yang berat sebagaimana diatur dalam Undang-undang n0.26 tahun 2000 tidak dikenal kadaluwarsa. Undang-undang Pengadilan HAM juga tidak menutup kemungkinan penyelesaian pelanggaran HAM dengan Komisi Kebenaran dan Rekonsiliasi yang dibentuk berdasarkan undang-undang.