Menjaga keseimbangan ekosistem air wajib dilakukan agar keberlangsungan makhluk hidup tetap terjamin dan menghindarkan dari dampak gangguan, seperti eutrofikasi. Eutrofikasi merupakan sebuah rangkaian proses alamiah pada danau air tawar yang mengalami penuaan secara bertahap dan menjadi lebih produktif bagi tumbuhnya biomassa.
Contoh dampaknya yaitu matinya ribuan bahkan jutaan ikan secara mendadak. Proses alamiah berjalan lebih cepat akibat aktivitas manusia modern, sehingga proses eutrofikasi dapat terjadi hanya dalam beberapa dekade bahkan hanya beberapa tahun saja.
Eutrofikasi dapat terjadi akibat kondisi eutrofik sebuah kawasan air tawar yang memperbesar peluang alga serta tumbuhan air berukuran mikro tumbuh lebih pesat karena ketersediaan fosfat yang berlebihan. Eutrofikasi mengakibatkan wilayah perairan menjadi lebih cepat dangkal, sehingga cara mencegah eutrofikasi adalah dengan meminimalkan jumlah polutan nutrien, pengurangan konsumsi produk yang mengandung limbah fosfat yang berlebih, serta pengolahan limbah sesuai dengan konsep lingkungan hidup.
Tidak hanya pada area persawahan saja, namun eutrofikasi juga dapat terjadi di danau dan laut. Pada prosesnya, bahan organik dan senyawa nutrisi dalam air akan didekomposisi oleh bakteri menggunakan oksigen terlarut yang memerlukan proses biokimia maupun proses biodegradasi.
Akibatnya, kadar oksigen akan terus mengalami penurunan secara perlahan dan akan mempengaruhi suplai oksigen dalam air yang akan menyebabkan ikan dan hewan air lainnya akan mati kehabisan oksigen.
Sosialisasi pemerintah serta komunitas peduli lingkungan harus gencar menyarankan kepada para petani agar menggunakan pupuk organik karena penggunaan pupuk organik lebih bermanfaat untuk mengurangi sesuatu yang tidak diinginkan. Penggunaan pupuk organik dalam pertanian seperti penggunaan kompos jauh lebih bermanfaat dalam mengurangi pencemaran air dan tanah.
Namun, kebanyakan petani lebih memilih penggunaan pupuk anorganik yang mengandung fosfat dan nitrat yang justru akan mencemari are perairan jika terbawa aliran hujan. Selain itu, pupuk organik juga dapat memulihkan kandungan mineral dalam tanah yang jika terus dilakukan, maka struktur tanah dapat diperbaiki dan pencemaran air oleh pupuk pestisida dapat terkurangi.
Penggunaan parasitoid untuk mengusir hama tanaman lebih aman bagi lingkungan karena populasi hama tanaman akan menurun tanpa harus meninggalkan residu pestisida di dalam tanah maupun tanamannya. Pertanian organik semacam ini mulai dikembangkan di berbagai negara maju, sehingga kita sebagai negara yang berkembang dapat mencontoh yang dilakukan oleh negara maju.
Parasitoid juga dapat menyebabkan tanamannya mempunyai nilai yang tinggi dibandingkan dengan tanaman yang menggunakan pupuk pestisida dan hasil tanaman pun lebih aman dan layak untuk dikonsumsi.
Pemulihan danau dan sungai dari eutrofikasi bisa dimulai dengan kegiatan penangkapan ikan yang tidak menggunakan racun maupun bahan peledak untuk mendapatkan hasil tangkapan yang banyak.
Penggunaan kedua metode ini seringkali dilakukan oleh oknum yang tak bertanggung jawab karena penggunaan racun maupun bahan peledak hanya akan menyebabkan organisme di sungai akan mati karena sungai yang tercemar sehingga hasil tangkapannya pun tak fresh.
Ikan yang sebenarnya belum layak tangkap karena masih berukuran kecil pun ikut tertangkap karena penggunaan bahan peledak atau racun. Sebaiknya gunakan jala dalam menangkap ikan dan mengembalikan ikan kecil yang ikut terjaring.
Pembuangan limbah secara sembarangan ke sungai juga dapat merugikan ekosistem air sungai karena limbah tersebut dapat mencemari sungai yang kebanyakan berasal dari limbah rumah tangga dan limbah yang dibuang oleh pabrik.
Pembuangan limbah ke danau atau sungai tentu akan mengakibatkan eutrofikasi jika belum dilakukan pengolahan limbah terlebih dahulu sebelum dibuang seperti yang sudah dianjurkan oleh dinas lingkungan hidup.
Pembangunan industri yang berada dalam kawasan sungai maupun tidak, sudah seharusnya memiliki perencanaan AMDAL (Analisis Mengenai Dampak Lingkungan), karena tentunya sangat diperlukan untuk menjaga ekosistem air maupun di sekitar pabrik, sehingga tidak akan menimbulkan berbagai masalah yang tidak diinginkan.
Dengan perencanaan AMDAL secara matang dengan sesuai mengikuti peraturan yang sudah ditetapkan maka keseimbangan lingkungan akan terjaga dan eutrofikasi pun dapat dicegah
Salah satu upaya penanggulangan yang dibutuhkan juga mengenai adanya kebijakan yang tegas untuk mengontrol laju pertumbuhan penduduk karena sejalan dengan populasi penduduk yang terus bertambah, maka akan meningkat pula kontribusi pencemaran lingkungan salah satunya dengan lepasnya fosfat ke lingkungan perairan. Sehingga pemerintah dapat memberikan solusi untuk mengatasi masalah kependudukan juga.
Pemerintah harus mendorong para pengusaha agar tidak membuang limbah ke perairan dan memberikan sanksi yang tegas bagi para pelakunya jika terbukti membuah limbah ke sungai tanpa adanya proses untuk mengolah limbah tersebut sebelum dibuang ke sungai untuk mencegah lebih banyaknya lagi fosfat dan bahan emisi nutrisi berbahaya yang lepas ke lingkungan perairan.
Pada saat musim hujan sebaiknya tidak melakukan pemupukan pada tanaman karena kebanyakan orang berpikir, jika memberikan pupuk sebelum hujan deras, maka air hujan akan menyiram pupuk ke tanah dengan lebih baik.
Padahal tanaman membutuhkan jumlah kandungan nitrogen yang tinggi di dalam tanah yang dipengaruhi oleh curah hujan yang tinggi.
Jika pupuk pestisida yang digunakan sebagai pupuk tanaman, maka air hujan justru akan menghanyutkan pupuk yang banyak mengandung fosfat yang dapat menyebabkan eutrofikasi karena peningkatan unsur hara yang melampaui dan merangsang meledaknya populasi alga.